外部碳源根据其来源可分为两大类：包括甲醇、乙酸、糖类等有机物的传统碳源；工业废水、垃圾渗滤液等有机污水碳源。不同有机物在生化系统中具有不同的代谢途径，导致相应的利用效率具有差异性，碳源来源和经济性也是筛选中重点考虑的因素。有机污水碳源的利用具有地域性和项目特殊性，因此一般市政污水处理厂多选择甲醇、乙酸/乙酸钠或葡萄糖。
在进行碳源选择时，应根据实际项目采用上述方法进行试验，最终结合经济效益综合筛选最优碳源。
大部分污水处理厂采用在缺氧池投加的方式。投加量的精准控制是节省成本的重要方向。碳源精确投加系统可以实现电气柜就地控制、远程点动控制和远程自动控制，具有碳源自动化投加和专家库投加等混合投加模式，以流量为前馈、水质仪表参数为反馈的控制模型进行控制。
低碳源特性使得污水处理厂强化脱氮除磷的难度增加，可以通过原水碳源高效利用和外部碳源筛选及精确投加等两大类技术手段加以解决。
在生物脱氮除磷对碳源需求的矛盾中找到最佳平衡点，提高原水碳源利用效率。当通过以上手段仍不能实现稳定达标，需要投加外部碳源时，通过试验测算不同种类碳源的反硝化速率是评价碳源利用效率的有效手段；碳源精确投加系统可在保证tn达标的前提下有效地节省外部碳源投加量，实现高效低耗达标。