就运行来说，一些工业企业缺乏深度治理设施，且运行管理不到位，无法稳定达标排放。而早期建设的城市生活污水处理厂不具备脱氮除磷的功能，迫切需要进行提标改造。不少污水处理厂污水管网不配套，运行负荷率低，运行水平低下、污水处理费征收不足、监管不力等因素也影响实际处理效果，这些都使我国目前氨氮去除效率总体较低。” 而在各地进行的ag旗舰厅在线-ag旗舰厅官方网站提标改造实践也证明，不少“先天不足”的因素增加了脱氮除磷的难度。
由于我国城镇污水水质水量变化较大、污水碳氮比普遍偏低、进水无机悬浮固体普遍偏高，再加上低水温和工业废水的影响，要想持续稳定达标比较难。 他同时指出，相对于除磷，现有污水处理厂工艺中对氮的去除较为局限，只能通过生物反硝化过程来实现。
我们面临的一个先天难题就是城镇污水的碳氮比普遍偏低，导致总氮去除效果不理想。“（污水）没有达到欧美国家的碳源浓度，这和目前的管网设施缺陷是有关系的。比如现有的污水管网一般会受到雨水以及地下水的影响，导致碳氮比较低。” 而在提标改造中，工业排放的问题已经显现。谈到升级改造中遇到的困难，碳源不足和硝化问题是全国城市污水处理厂ag旗舰厅在线-ag旗舰厅官方网站面临的棘手问题。